二O O五年二月十六日，印尼與馬來西亞就蘇拉威西海之安峇拉特(Ambalat)海域的糾紛，首次浮上檯面，馬國將開採安峇拉特海域石油權交給貝殼(Shell)跨國國際企業所引起，印尼認為該海域是屬於其領海。

蘇拉威西海域位於西南太平洋，為東馬來西亞、印尼和菲律賓所環繞，有爭議的安峇拉特海域靠近西巴丹島(Sipadan)與利吉丹島(Ligitan)，這兩個島的主權，印馬兩國也爭執很久，經國際法庭於二O O 三年判決歸馬國。
自馬來西亞準備將富有油氣蘊藏的安峇拉特海域交給國際油公司開採消息公開後，印尼輿論多對馬國不滿，擔心此海域的歸屬會是西巴丹島與利吉丹島事件的重演，而印馬兩國在糾紛區域周圍逐漸增強軍力。印尼一些激進分子更組成自願軍，準備不惜與馬國一戰，兩國關係進入緊張局面。

此時，兩國元首都表示，兩國應透過外交關係和平解決安峇拉特海域糾紛。

今年的三月十日印尼外長哈山‧維拉猶達與馬國外長哈米特藉在雅加達的歐盟與東協國家外長會議中，在雅加達一酒店舉行了一個小時的會談，宣布兩國同意以和平方式解決安峇拉特海域糾紛，並訂於下旬兩國技術官僚就安峇拉特海域糾紛進行會談。次項會談並無實質進展。兩國將於五月在舉行次輪會談，或許會為此項爭端提供更明確的解決輪廓。

四月中旬，兩國海軍軍艦在安峇拉特海域發生數次摩擦事件。印尼此時在該海域的礁島建立燈塔，以鞏固其爭取主權的籌碼。這期間，雅加達向馬國大使提交了抗議書，指馬國軍艦侵犯了印尼主權；馬國方面隔三天，也向印尼大使就印尼軍艦進入馬國海域，提出抗議。在軍事衝突行將表面化時刻，兩國軍事將領，在巴淡島會晤，避免衝突事件發生。

印馬兩國在一九六七年間，對西巴丹島與利吉島的主權就發生糾紛與爭執，形成兩國對抗的局面，但未惡化。兩國於一九六九年達成協議，同意暫時擱置這兩個島的糾紛。但兩國對「暫時擱置」有不同的解釋，印尼認為暫時擱置即暫時不談兩島問題，也暫時不改兩島的現狀，不開發有糾紛的兩島。但馬國認為暫時擱置，即表示該兩島是馬國的領土，馬國將繼續開發兩島，成為觀光勝地。

一九七九年馬國將西巴丹與利吉丹島規劃入其版圖內，印尼政府選擇透過外交途徑交涉。一九九一年馬國政府派兵駐紮西巴丹島，印尼再次想馬國政府提出抗議。一九九七年五月三十一日印尼總統蘇哈托與馬國總理媽哈迪同意將糾紛提交在荷蘭海牙的國際法庭，先雙方言明，國際法庭不論作何種判決，兩國應接受不再提出上訴。

二O O 三年底國際法庭判決西巴丹島與利吉丹島歸馬國，印尼對該判決表示失望，但當時的梅嘉娃蒂總統也不得不接受該判決。後印尼方面檢討，當時應將兩島糾紛提交東協的高級部長協商會議解決，印尼比較有勝算，因馬國與其他東協國家也有土地糾紛。

印尼方面也評估，印尼之所以在西巴丹島與利吉丹島之爭議失敗，主要為印尼人民自一九四五年獨立後，未曾在該兩島活動。但目前的安峇拉特海域不同，印尼曾於一九六七年在安峇拉特海域探油，當時馬國並沒有提出抗議。

如兩國果真將安峇拉特海域的爭執訴諸武力，馬國的國際形勢較優。馬國於一九七二年與英國、澳洲、紐西蘭、新加坡簽署了五國共同防衛協議，一旦馬國與印尼開戰，其他四國將協助馬國對抗印尼。